Древнейшие названия полуострова — Акти́ (др.-греч. Ἀκτή) («Утёс») и Афо́н, в честь мифического фракийского гиганта Афона. Согласно мифу, Афон бросил огромный камень в Посейдона, который упал в Эгейское море. По одной из версий этой легенды, могила Посейдона находилась на Афоне.
Согласно первому известному Уставу, утверждённому императором Иоанном Цимисхием, Афон именуется просто «Гора» (др.-греч. Ὄρος — «Орос»).
Наименование же «Святая Гора» (др.-греч. Ἅγιον Ὄρος) побеждает в первой половине XII века, когда грамота 1144 года императора Алексея Комнина монастырю Великая Лавра определяет официально и окончательно новое имя:
«Ἐφεξῆς τὸ ὄνομα τοῦ Ἄθω καλεῖσθαι Ἅγιον Ὄρος παρὰ πάντων»«Отныне имя Афона да зовётся Святой Горой всеми (людьми)»Согласно древнему местному христианскому преданию, в
49 году корабль, на котором плыла
Богородица вместе с
апостолом Иоанном Богословом, попал в бурю и его прибило к берегу Афона в том месте, где ныне находится
Иверский монастырь. Дева Мария так была поражена красотой этого места, что попросила у Бога это место себе в удел. На что получила ответ:
«Ἔστω ὁ τόπος οὗτος κλήρος σὸς καὶ περιβόλιον σὸν καὶ παράδεισος, ἔτι δὲ καὶ λιμὴν σωτήριος τῶν θελόντων σωθῆναι»«Да будет место сие уделом твоим и садом твоим и раем и гаванью спасения желающих спастись».В связи с этим Афон называют также «
уделом» и «
садом Богородицы» (
др.-греч. Τὸ Περιβόλιον τῆς Παναγίας).